研究所主要开展水产种质资源保护与良种选育、渔业水域生态环境保护与可持续利用、水产疫病灾变规律与预控、水产品质量与安全等研究，以及名优新水产品种的规模化繁育与良种示范推广、渔业公共技术协同攻关咨询与科技中介服务等。
据2019年4月研究所官网资料显示，研究所共有在职职工85人，设有4个管理部门、7个业务研究室、1个直属科研基地，承担省部级以上公益性科研计划项目52项 。
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