事业单位在编职工辞职按照《全民所有制事业单位专业技术人员和管理人员辞职暂行规定》(人调发〔1990〕19号)等相关规定办理。首先是在编职工向所在单位或主管部门提出辞职书面申请;所在单位或主管部门收到辞职书面申请后,一般应在三个月内,给予书面批复,对批复同意的发给辞职者本人辞职证明书。事业单位在编职工与所在单位订有聘用合同的人员,其辞职按照聘用合同的有关规定办理。辞职经批复同意后,辞职其本人协助用人单位办理档案托管、社保等相应的人事手续。
1、符合条件的事业单位员工,辞职必须按人事管理权限,向所在单位或主管部门提出书面申请。
2、所在单位或主管部门从收到辞职申请起,除规定的情况外,应在三个月内,予以办理辞职手续并发给辞职证明书。

3、与所在单位订有聘用合同的人员,其辞职按聘用合同的规定办理。聘用合同没有明确规定的,在三个月内,予以办理辞职手续并发给辞职证明书。
4、下列情况之一的人员,其辞职必须经过批准。
(一)国家和省、市(地区)重点科研项目的主要负责人和业务骨干,辞职后对工作可能造成损失的;
(二)在边远地区工作的;
(三)从事特殊行业、特殊工种的;
(四)在规定的保密期内的;
(五)经司法或行政机关决定或批准,正在接受审查、尚未结案的;
(六)法律、法规、规章规定的其它情况。
5、所在单位或主管部门与辞职申请人之间发生争议时,可向当地政府人事部门人才流动争议仲裁机构申请调解或仲裁。
6、辞职人员的人事档案,有关单位应按国家关于流动人员人事档案的规定,进行移交、接转和管理。
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