1 东京大学 25 新潟大学 49 东京海洋大学
2 京都大学 26 大阪市立大学 50 名古屋市立大学
3 大阪大学 27 ICU大学 51 兵库県立大学
4 一桥大学 28 电気通信大学 52 立教大学
5 东京工业大学 29 同志社大学 53 奈良女子大学
6 东北大学 30 大阪府立大学 54 京都府立大学
7 名古屋大学 31 东京学芸大学 55 山梨大学
8 九州大学 32 东京农工大学 56 鹿児岛大学
9 筑波大学 33 长崎大学 57 中央大学
10 神戸大学 34 信州大学 58 青山学院大学
11 早稲田大学 35 滋贺大学 59 山口大学
12 庆応义塾大学 36 静冈大学 60 立命馆大学
13 北海道大学 37 宇都宫大学 61 徳岛大学
14 広岛大学 38 茨城大学 62 関西学院大学
15 横浜国立大学 39 熊本大学 63 岛根大学
16 千叶大学 40 名古屋工业大学 64 京都教育大学
17 东京外国语大学 41 明治大学 65 横浜市立大学
18 金沢大学 42 东京理科大学 66 富山大学
19 お茶の水大学 43 九州工业大学 67 岐阜大学
20 冈山大学 44 福岛大学 68 三重大学
21 首都东京大学
45 小樽商科大学 69 岩手大学
22 埼玉大学 46 山形大学 70 兵库教育大学
23 上智大学 47 东京芸术大学 71 鸟取大学
24 京都工芸繊维大学 48 群马大学 72 东京女子大学
公认最权威的有三个排名：日本国内机构公布的《朝日新闻》的排名；《钻石周刊》的排名；还有国际权威机构公布的《Gourman Report》的排名。
首先说明一下日本没有国家政府机构公布的大学排名，民间机构甚至个人的排名有很多但比较杂，很多连其评价标准都说不清楚，但以《朝日新闻》和经济类著名刊物《钻石》公布的大学排名公认较权威。二者的区别在于：应该说《钻石》的排名依据的是上市企业人事部长的评分，主观性较大，而《朝日新闻》公布的每年的排名，涉及300多个项目，相对客观得多。因此如果要看日本国内的机构排名，最好就是《朝日新闻》的「大学ランキング」，如果要简单明了就看《钻石》。
此外，还有世界级的权威机构的排名。也就是美国的权威机构公布的世界各国大学排名《Gourman Report》，其评定标准据介绍包括学校的学术论文数量和质量，教学质量，图书馆质量，管理体制，学生后援体制等18个项目，它从上世纪60年代开刊以来已被公认为是最具科学性，客观性的权威大学质量排名，其中也有日本的大学排名，现引用手头看到的2005年版仅供参考，一般来说各版变化不会很大。
日本排名前30名的大学《Gourman Report》：
1 东京大学（国立）
2 京都大学（国立）
3 大阪大学（国立）
4 东京工业大学（国立）
5 东北大学（国立）
6 名古屋大学（国立）
7 九州大学（国立）
8 一桥大学（国立）
9 神户大学（国立）
10 北海道大学（国立）
11 横滨国立大学
12 广岛大学（国立）
13 筑波大学（国立）
14 名古屋工业大学（国立）
15 庆应大学（私立）
16 早稻田大学（私立）
17 九州工业大学（国立）
18 金泽大学（国立）
19 东京农工大学（国立）
20 御茶水大学（国立）
21 冈山大学（国立）
22 东京理科大学（私立）
23 中央大学（私立）
24 明治大学（私立）
25 同志社大学（私立）
26 立命馆大学（私立）
27 关西大学（私立）
28 东京外国语大学（国立）
29 大阪市立大学（公立，所谓“公立”就是地方政府立）
30 横滨市立大学（公立）
以上是全日本大学前30名的排名，其中可以看出，前10名都是国立大学，这些国立大学的确是日本最有实力的，而最好的私立大学庆应大学和早稻田大学排名也在15，16名，但同时还可以发现有其他几所优秀的私立大学也榜上有名，有意思的是日本的国立大学共有88所（比如，千叶大学，琦玉大学等等），但它们绝大多数都没有能够上榜，可见榜上的这几所私立大学实力已经超越了大多数的国立大学，因此可以说在日本并不意味着国立大学肯定比私立大学强，这和美国的情况类似，在美国甚至可以说最好的大学大多都是私立的，而这与中国人的印象相反。
另外，《Gourman Report》主要根据综合指标进行排名，其中理工科较强的大学教占便宜，因为理工科相对文科更容易在国际权威刊物上发表论文，这个可是一个硬指标，由于日本的国立大学相对更容易拿到国家的科研经费，因此理工科实力肯定比私立大学强，这也决定了日本的国立大学稳坐前10名的结果，而私立大学则倾向于投入不大的文科教育，比如，中央大学的法学实力在日本排名第1，甚至比东京大学还要强；还有据说周恩来总理留学日本时的大学就是明治大学哟！
最后补充一下，全日本的大学总数，截至2007年共有734所。
另外，再转载2008年版的日本《朝日新闻》公布的全日本大学综合实力排名：
一 日本大学综合排名
1、东京大学（国立）
2、京都大学（国立）
3、大阪大学（国立）
4、名古屋大学（国立）
5、东北大学（国立）
6、北海道大学（国立）
7、九州大学（国立）
8、东京工业大学（国立）
9、一桥大学（国立）
10、筑坡大学（国立）
11、东京外国语大学（国立）
12、早稻田大学（私立）
13、庆应大学（私立）
14、同志社大学（私立）
15、上智大学（私立）
16、法政大学（私立）
17、立教大学（私立）
18、中央大学（私立）
19、明治大学（私立）
20、青山学院大学（私立）
21、立命馆大学（私立）
22、关西学院大学（私立）
23、关西大学（私立）
24、学习院大学（私立）
从这个日本人自己公布的排名来看，前10名仍然是国立大学占据，看来这几所国立大学的质量无论日本人自己还是世界都是公认的，但接下来从12名开始日本人则公认是优秀私立大学的天下，从日本共有88所国立大学来看，优秀的私立大学已经远远超越了大多数国立，公立大学了（公立大学甚至在日本人自己的榜里没能入榜），尽管排名之间略有差别，但这个特点与国际权威机构公布的结果是符合的。
这是日本民间流行最广的包括所有大学的排名，相对比较客观。其中S级最强，而且每一级中数字越小越强。（我仅摘录前几级）
S级大学ランキング
S1：东京大学
S2：京都大学
A级大学ランキング
A1：大阪大学 一桥大学
A2：名古屋大学 庆応大学
A3：北海道大学 东北大学 九州大学
B级大学ランキング
B1：筑波大学 东京外语大学 东京工业大学 早稲田大学
B2：横浜国立大学 千叶大学 神戸大学 広岛大学 お茶の水大学
B2：首都大学东京 东京学芸大学 大阪外语大学 大阪市立大学 上智大学 ICU
C级大学ランキング
C1： 金沢大学 冈山大学 熊本大学 电気通信大学 东京芸术大学
名古屋工业大学 东京理科大学 立教大学 同志社大学
C2：埼玉大学 新潟大学 静冈大学 奈良女子大学 东京海洋大学 东京农
九州工业大学 横浜市立大学 大阪府立大学 京都繊维大学 京都教育
名古屋市立大学 明治大学 立命馆大学
C3：滋贺大学 信州大学 群马大学 茨城大学 三重大学 大阪教育大学
京都府立大学 小樽商科大学 青山学院大学 中央大学 関学大学 学习院大学 津田女子大学
D级大学ランキング
D1：宇都宫大学 岐阜大学 徳岛大学 长崎大学 鹿児岛大学
豊桥技术大学 神戸外语大学 法政大学 関西大学 北里大学
D2：和歌山大学 岩手大学 山形大学 山口大学 长冈技术大学 富山大学 香川大学 爱媛大学 弘前大学
都留文化大学 高崎経済大学 北海道教育大学 兵库教育大学 成城大学 成蹊大学 明治学院大学 南山大学 芝浦工业大学
D3：大分大学 高知大学 福井大学 山梨大学 宫崎大学 福岛大学 鸣门教育大学 独协大学 国学院大学
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