根据济宁医学院最新招生计划数据查询，济宁医学院开设专业有制药工程、生物制药、护理学、护理学、药物制剂、中药学、药学、药学(临床研究与应用方向)、临床药学、计算机科学与技术(智能AI)等，具体完整专业名单见下表。
| 院系设置 | 所有专业 |
|---|---|
| 医药工程学院 | 制药工程，生物制药 |
| 护理学院(济宁校区) | 护理学，护理学 |
| 药学院(日照校区) | 药物制剂，中药学，药学，药学(临床研究与应用方向)，临床药学 |
| 医学信息工程学院(日照校区) | 计算机科学与技术(智能AI)，计算机科学与技术，计算机科学与技术(惠普软件测试方向)，计算机科学与技术(健康大数据方向)，生物医学工程(医疗器械方向)，计算机科学与技术(物联网工程方向)，医学信息工程，计算机科学与技术(软件外包方向)，信息管理与信息系统(医学信息方向)，计算机科学与技术(惠普软件开发方向) |
| 精神卫生学院(济宁校区) | 精神医学，应用心理学 |
| 公共卫生学院(济宁校区) | 预防医学，卫生检验与检疫，食品质量与安全 |
| 临床医学院(济宁校区) | 临床医学 |
| 康复医学院(济宁校区) | 康复治疗学 |
| 中西医结合学院(济宁校区) | 临床医学(全科医学方向)，中西医临床医学，针灸推拿学 |
| 法医学与医学检验学院(济宁校区) | 医学检验技术，法医学，医学检验技术 |
| 口腔医学院(济宁校区) | 口腔医学 |
| 管理学院(日照校区) | 公共事业管理，劳动与社会保障，市场营销，公共事业管理(医院财务方向) |
| 生物科学学院(日照校区) | 生物工程，生物技术 |
| 外国语学院(日照校区) | 英语(跨境电子商务方向)，英语(医药英语方向) |
| 基础医学院 | 法医学 |
| 第二临床医学院 | 临床医学 |
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