牡丹江共有7所大学,名单分别为牡丹江医学院、牡丹江师范学院、牡丹江大学、黑龙江林业职业技术学院、黑龙江农业经济职业学院、黑龙江商业职业学院和黑龙江幼儿师范高等专科学校。
| 序号 | 学校名称 | 主管部门 | 所在地 | 办学层次 | 备注 |
| 1 | 牡丹江医学院 | 黑龙江省 | 牡丹江市 | 本科 | |
| 2 | 牡丹江师范学院 | 黑龙江省 | 牡丹江市 | 本科 | |
| 3 | 牡丹江大学 | 黑龙江省 | 牡丹江市 | 专科 | |
| 4 | 黑龙江林业职业技术学院 | 黑龙江省 | 牡丹江市 | 专科 | |
| 5 | 黑龙江农业经济职业学院 | 黑龙江省 | 牡丹江市 | 专科 | |
| 6 | 黑龙江商业职业学院 | 黑龙江省 | 牡丹江市 | 专科 | |
| 7 | 黑龙江幼儿师范高等专科学校 | 黑龙江省 | 牡丹江市 | 专科 |
牡丹江医学院是黑龙江省东南部地区唯一一所省属普通本科医药院校。学校创建于1958年,著名历史学家郭沫若先生题写了校名。2010年被列为黑龙江省特色应用型本科高校建设单位。2012年被评为全国首批卓越医生教育培训计划项目试点高校。2013年获得硕士学位授予权。2015年,被授予“全国文明单位”称号,在教育部临床医学专业认证中获得了6年有效期,居地方医学院校领先水平。

学校开设临床医学、医学影像技术、制药工程、公共事业管理等20个本科专业,涵盖医学、理学、工学和管理学4个学科门类。其中临床医学、医学影像学、麻醉学、医学检验是省级重点专业,医学影像学是省级一类特色专业、国家级一类特色专业建设点和省人才培养模式创新实验区,口腔医学、临床医学、医学影像学专业列为本科一表招生。临床医学、基础医学、生物学、护理学、公共卫生学、药学为硕士学位授权一级学科。基层实用型临床医学列为黑龙江省“双一流”建设项目——全省特色学科建设学科。基础医学、生物学、内科学和影像医学与核医学为省级重点学科;药学和外科学为省级重点培育学科。
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