牡丹江有2所大学,名单为牡丹江医学院、牡丹江师范学院,其中牡丹江医学院是黑龙江省属普通本科医药院校,是黑龙江省特色应用型本科高校建设单位、中国全国首批卓越医生教育培训计划项目试点高校,2015年在教育部临床医学专业认证中获得了6年有效期。
| 学校名称 | 学校标识码 | 主管部门 | 所在地 | 办学层次 |
| 牡丹江医学院 | 4123010229 | 黑龙江省 | 牡丹江市 | 本科 |
| 牡丹江师范学院 | 4123010233 | 黑龙江省 | 牡丹江市 | 本科 |
1.牡丹江医学院是黑龙江省属普通本科医药院校,是黑龙江省特色应用型本科高校建设单位、中国全国首批卓越医生教育培训计划项目试点高校,2015年在教育部临床医学专业认证中获得了6年有效期。

学校由1946年始建的牡丹江专区医院、1956年始建的黑龙江省卫生干部进修学校于1958年共同创建,历经了牡丹江医学院(1958—1962年)、牡丹江卫生学校(1962—1978年)、牡丹江医学专科学校(1978—1986年)、牡丹江医学院(1986年—)等历史时期,2013年获得硕士学位授予权。
据2018年6月学校官网显示,学校占地面积77万平方米,建筑面积34.13万平方米,教学科研仪器设备总值1.46亿元,资产总值8亿元,馆藏文献150万册;共有教职工2460人,全日制硕士研究生、本科生10625人;开设10个学院、20个本科专业,拥有学术学位一级学科硕士点4个。
2.牡丹江师范学院(Mudanjiang Normal University),简称牡师院,位于牡丹江市,是国家级语言文字规范化示范校、黑龙江省东南部地区教师教育研究中心、基础教育研究中心和继续教育培训中心、黑龙江省对俄经贸人才培养基地。
牡丹江师范学院始建于1958年,历经东北农学院嫩江分院、北安师范专科学校、宁安师范专科学校、牡丹江师范学院等发展阶段。1995年9月,学校迁入牡丹江市。2006年,学校被批准为硕士学位授予单位。
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