上海中医药大学特色有中药学、针灸推拿学，其中中药学专业培养具备良好的道德职业素养及中医药价值取向，掌握系统的中药学基本理论知识与技能、科学研究思路及中医药思维，具备较深厚的中医药文化底蕴、较强的传承、创新与社会服务能力，从事中药生产、检验及管理与服务等方面工作的创新中药学专业人才。
| 国家特色专业 | 中药学 针灸推拿学 |
| 类别 | 专业名称 |
|---|---|
| 生物医学工程类(本) | 生物医学工程（中医信息与工程方向） |
| 公共卫生与预防医学类(本) | 预防医学 食品卫生与营养学 |
| 中医学类(本) | 中医学（屠呦呦班） 中医学（“5+3”一体化）
中医学（五年制） 中医学（“5+3”一体化）（ 针灸推拿英语方向） 针灸推拿学 |
| 中西医结合类(本) | 中西医临床医学 |
| 药学类(本) | 药学（中外合作办学） |
| 中药学类(本) | 中药学 |
| 医学技术类(本) | 康复治疗学 听力与言语康复学 康复物理治疗 康复作业治疗 智能医学工程 |
| 护理学类(本) | 护理学 |
| 公共管理类(本) | 公共事业管理（卫生管理方向） |
| 护理类(专) | 护理（中外合作办学） |
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