学科建设是发展研究生教育的基础。最近厦门大学的政治经济学、财政学、金融学、统计学、高等教育学、国际法学、专门史、物理化学、分析化学、海洋化学、海洋生物学、动物学和会计学等13个学科专业被评为国家重点学科。凝聚态物理和环境科学等10个学科被确定为省重点建设学科。经过校内体制改革，研究生院下设研究生培养与管理处和学位与学科建设处，负责学位和研究生教育的规划和管理，全校学科建设方面的管理工作。
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