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复旦大学创建于1905年，原名复旦公学。“复旦”二字由创始人、中国近代知名教育家马相伯先生选自《尚书大传虞夏传》中的“日月光华，旦复旦兮”的名句，意在自强不息。

1937年抗战爆发后，学校内迁重庆北碚，并于1941年改为国立大学。1946年迁回上海江湾原址。1952年院系调整，复旦大学成为直属教育部领导的全国重点综合性大学。2000年4月，复旦大学与上海医科大学合并，成立新的复旦大学。

历经复旦人百年来的不懈努力，尤其是近期6个五年计划的重点建设，复旦大学现已成为一所多学科综合性大学，形成“一体两翼”的校园格局：即以邯郸校区、江湾校区为一体，以枫林校区、张江校区为两翼。

截止2012年年底学校有28个直属院系， 34个博士后科研流动站，11个一级学科国家重点学科、19个二级学科国家重点学科，国家重点实验室5个，教育部工程研究中心4个，教育部重点实验室12个，卫生部重点实验室9个，总后卫生部重点实验室1个，上海市重点实验室10个。

学校拥有一支高水平的师资队伍，博士生导师1402人，硕士生导师1708人，中国科学院、中国工程院院士37人，教育部“长江学者奖励计划”特聘教授62人、讲座教授35人，“国家重点基础研究发展计划（含重大科学研究计划）”项目首席科学家29人。

学校还拥有中山医院、华山医院等10个附属医院，为培养医学高层次专门人才创造了良好的条件。