根据南方科技大学最新招生计划数据查询，南方科技大学开设专业有智能科学与技术、计算机科学与技术、理论与应用力学、航空航天工程、物理学、应用物理学、生物医学科学、临床医学、生物技术、生物信息学等，具体完整专业名单见下表。
| 院系设置 | 所有专业 |
|---|---|
| 计算机科学与工程系 | 智能科学与技术，计算机科学与技术 |
| 力学与航空航天工程系 | 理论与应用力学，航空航天工程 |
| 物理系 | 物理学，应用物理学 |
| 医学院 | 生物医学科学，临床医学 |
| 生物系 | 生物技术，生物信息学，生物科学 |
| 材料科学与工程系 | 材料科学与工程 |
| 生物医学工程系 | 生物医学工程 |
| 数学系 | 金融数学，数学与应用数学，统计学 |
| 化学系 | 化学 |
| 环境科学与工程学院 | 环境科学与工程，水文与水资源工程 |
| 电子与电气工程系 | 微电子科学与工程，信息工程，光电信息科学与工程，通信工程 |
| 机械与能源工程系 | 机器人工程，机械工程 |
| 海洋科学与工程系 | 海洋科学 |
| 地球与空间科学系 | 地球物理学 |
| 金融系 | 金融工程，金融学 |
| 深港微电子学院（国家示范性微电子学院） | 微电子科学与工程 |
| 统计与数据科学系 | 统计学 |
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