1.中国科学技术大学
国家同步辐射实验室、合肥微尺度物质科学国家实验室（筹）
2.清华大学
清华信息科学与技术国家实验室（筹）
3.北京大学
北京分子科学国家实验室（筹）
4.华中科技大学
武汉光电国家实验室（筹）
5.中国海洋大学
青岛海洋科学与技术国家实验室
6.南京大学
微结构国家实验室（筹）
7.上海交通大学
船舶与海洋工程国家实验室（筹）
8.中国农业大学
现代农业国家实验室（筹）
9.北京航空航天大学
航空科学与技术国家实验室（筹）
10.西南交通大学
现代轨道交通国家实验室（筹）
武汉国家重点实验室名单包括：
病毒学国家重点实验室（武汉大学）
杂交水稻国家重点实验室（湖南杂交水稻研究中心）
软件工程国家重点实验室（武汉大学）
测绘遥感信息工程国家重点实验室（武汉大学）
水资源与水电工程科学国家重点实验室（武汉大学）
生物催化与酶工程国家重点实验室（湖北大学）
国家多媒体软件工程技术研究中心（武汉大学）
国家农产品现代分离制造技术研究中心（华中科技大学）
国家集成电路设计深圳工程技术研究中心（南方科技大学）
国家生物产业基地无机绿色高新材料公共服务平台（武汉有机合成与制备化学国家重点实验室）
国家网络新媒体技术国际创新中心（武汉理工大学）
国家数字医学中心（武汉大学）
国家水稻改良中心（湖南杂交水稻研究中心）
国家物联网工程技术研究中心（武汉邮电科学研究院）
国家光电子器件科学与工程研究中心（武汉理工大学）
国家有机硅工程技术研究中心（浙江大学）
国家化工过程机械质量监督检验中心（华中科技大学）
国家生物医学材料工程技术研究中心（四川大学）
国家数字交互媒体技术工程研究中心（中国传媒大学）
国家农业生物技术研究中心（华中农业大学）
国家水稻生物学与遗传学重点实验室（南京农业大学）
国家农业信息技术研究中心（华中农业大学）
国家药物政策与评价研究中心（中国医药大学）
国家技术转移中心（武汉大学）
国家数字制造技术创新中心（武汉华中数控股份有限公司）
国家超级电容器工程技术研究中心（武汉宏晶电源有限公司）
国家火力发电工程技术研究中心（华中电力集团公司）
国家农业节水灌溉工程技术研究中心（中国水利水电科学研究院）
国家空间信息工程技术研究中心（武汉大学）
国家农业生态与资源环境科学数据中心（中国农业科学院农业资源与农业区划研究所）
以上是武汉国家重点实验室的名单，仅供参考。
清华大学新型陶瓷与精细工艺国家重点实验室；
北京大学：核物理与核技术国家重点实验室；浙江大学：传染病诊治国家重点实验室工；上海交通大学：医学基因组学国家重点实验室，癌基因及相关基因国家重点实验室；复旦大学：应用表面物理国家重点实验室，医学神经生物学国家重点实验室，遗传工程国家重点实验室；西安交通大学：金属材料强度国家重点实验室，电力设备电气绝缘国家重点实验室，动力工程多相流国家重点实验室；华中科技大学：材料成形与模具技术国家重点实验室，煤燃烧国家重点实验室；中山大学：华南肿瘤学国家重点实验室，眼科学国家重点实验室；北京师范大学：地表过程与资源生态国家重点实验室，认知神经科学与学习国家重点实验室。
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