菏泽医学专科学校招生专业有康复治疗技术、眼视光技术、中医康复技术、保险、药品经营与管理、护理、助产、老年服务与管理、医学检验技术、临床医学等，具体更多完整招生专业请看下表。
| 教学系 | 专业名称 |
| 临床医学系 | 临床医学 |
| 护理系 | 护理、助产 |
| 药学与生物制药工程系 | 药学 |
| 口腔医学系 | 口腔医学 |
| 医学技术系 | 康复治疗技术、眼视光技术、中医康复技术 |
| 医学检验系 | 医学检验技术 |
| 医保营销系 | 保险、药品经营与管理 |
| 卫生管理系 | 老年服务与管理 |
1、中央财政支持重点建设专业：护理、临床医学
2、省级特色专业：护理、临床医学、助产
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