新疆大学被国务院确定全国第一批88所重点高等院校之一，16所综合性重点大学之一。1997年，学校被列入国家首批“211工程”重点建设高校。2004年，学校成为新疆维吾尔自治区人民政府、教育部“区部共建”高校。2012年，学校被列为国家“中西部高校综合实力提升工程”建设高校。